Mit Der Kapitän: Piraten kehrt die vom ZDF selbst erkorene Abenteuerreihe nun in einer zweiten Staffel zurück, nachdem die Serie um den kantigen Seebären Robert Atzorn vor 11 Jahren zum ersten Mal ausgestrahlt worden war. Diesmal hat es der Kapitän mit Piraten zu tun – “eine Story von ungeahnter Aktualität”, wie das ZDF mit Hinweis auf die Vorkommnisse in der See vor der somalischen Küste schreibt. Dass die Folge Der Kapitän: Piraten vor Kapstadts südafrikanischer Küste spielt, sei dahin gestellt. Die zweite Folge der Staffel, Der Kapitän: Piraten, folgt drei Tage später im ZDF und spielt in der Antarktis.
Robert Atzorn ist noch immer Kapitän Frank Harmsen. Mittlerweile lebt er jedoch von Selbstzweifeln zerfressen in Kapstadt, da er sich noch immer für den Tod seines Schwiegersohnes verantwortlich macht. Seit zwei Jahren hat er seine Tochter Anita (Jasmin Schwiers) nicht mehr gesehen. Plötzlich taucht Frank Harmsens Ziehsohnes Simon Baum (Peter Fieseler) in Südafrika auf. Simon hat sich in den vergangenen Jahren um Anita gekümmert und will dem alten Seebären mitteilen, dass der Zeitpunkt der Versöhnung gekommen ist. Nie hat Anita ihrem Vater die Schuld am Tod des Mannes gegeben, sondern sie leide vielmehr darunter, dass der Vater sie damals im Stich gelassen hat. Nun liegt Anita mit einem Frachter vor Kapstadt. Doch bevor es zur Versöhnung kommen kann, entführen Piraten das Schiff. Anita lernt in der Gefangenschaft unterdessen die Meeresbiologin Isabel Kersten (Nele Mueller-Stöfen) kennen, die ebenfalls von den Piraten entführt wurde und seit Wochen auf ihre Befreiung wartet. Mit einer Finte gelingt es Harmsen und Simon Baum die Reederei zu überlisten und somit selbst die Lösegeldübergabe vorzunehmen. In diesem Zusammenhang machen sie die Bekanntschaft von Manne Erdmann, Maschinist, und ab sofort festes Mitglied im Team des Kapitäns. Doch die Übergabe scheitert, und es bleibt nur eine Lösung: Frank und seine Mannen müssen direkt in das Nest der Piraten, um Anita vor dem sicheren Tod zu bewahren.
Der Kapitän: Packeis folgt dann am Montag, dem 23.02.2009. Kapitän Harmsen erhält von seiner Tochter Anita den Auftrag, einen Stückgutfrachter samt Ladung vom argentinischen Ushuaia nach Kapstadt zu bringen. Kurz vor der Abreise bittet Isabel den Kapitän, drei Wissenschaftler aus ihrem Institut, die auf der antarktischen Halbinsel festsitzen, gemeinsam mit einer Ladung Eisbohrkerne an Bord zu holen und ins Institut für Meeresbiologie und Klimaforschung nach Kapstadt mitzunehmen. Die Wissenschaftler hatten im Rahmen eines Forschungsauftrages Bohrungen im antarktischen Eis durchgeführt. Isabel wird diese Bohrkerne für wissenschaftliche Zwecke auswerten. Doch Anita und Isabel ahnen nicht, in welch gefährliches Abenteuer sie Harmsen stürzen. Die neuen Passagiere verfolgen jedoch ihr eigenes Ziel: Einer der im Kühlraum des Schiffes lagernden Bohrkerne darf unter keinen Umständen in Kapstadt ankommen. Noch sind die Hintergründe nicht bekannt, nur so viel: In dem einen besagten Bohrkern schlummert ein Geheimnis, das die Passagiere Stevenson und Professor Bernhard um jeden Preis bewahren wollen. Stevenson wäre sogar eher bereit, das Schiff zu versenken, als den Bohrkern in Kapstadt ankommen zu lassen. Liebend gern würde er auch die junge Forscherin Julia mitsamt dem Bohrkern entsorgen, aber der Professor legt schützend die Hand über seine Studentin. Es beginnt ein Katz-und-Maus-Spiel: Der Kapitän und seine Crew behalten die Passagiere von nun an genau im Auge. Harmsen weiß nicht, ob und wem er trauen kann, nur bei Stevenson ist er sich ganz sicher: dieser Mann ist gefährlich! Und es scheint, dass Maschinist Manne auf seltsame Weise gut mit ihm klar kommt. Kann der Kapitän seinem Maschinisten vertrauen, oder hat Stevenson ihm ein verlockendes Angebot gemacht? Steht die Crew überhaupt hundertprozentig hinter dem Kapitän? Misstrauen macht sich breit.
Doch dann geschieht das völlig Unerwartete: Stevenson geht über Bord. Während Harmsen und seine Crew um Stevensons Leben kämpfen, bringt der Schiffskoch Leco das Schiff unter seine Kontrolle.
Das ZDF zeigt Der Kapitän: Piraten am Freitag, den 20. Februar 2009 um 21.15 Uhr. Der Kapitän: Packeis folgt am Montag, dem 23. Februar um 20.15 Uhr.