Navy CIS - Staffel 2

Zu Beginn der zweiten Staffel wird McGee festes Mitglied der Navy CIS. Dabei hat er keineswegs Welpenschutz, denn Gibbs behandelt ihn oft schroff, um ihn für das Team abzuhärten. Höhepunkte der zweiten Staffel sind unter anderem die Entführung von Dr. Mallard durch einen Auftragsmörder (2×13 Blutiges Puzzle). Das Team der NCIS setzt alles daran, den Forensiker schnellstmöglichst zu retten. In 2×22 Todeskuss öffnet Tony einen Brief, indem sich ein Pulver befindet, durch das er die Lungenpest bekommt. Während sein Team nach einem Gegenmittel sucht, geht es Tony immer schlechter. Am Ende stellt sich allerdings heraus, dass sich das Bakterium nach einer gewissen Zeit von selbst zerstört.

Im Finale der zweiten Staffel kehrt der Terrorist Ari zurück und will sich an Gibbs rächen. Während das Team es schafft, Gibbs zu beschützen, hat Kate Todd weniger Glück. Ari erschießt sie auf dem Dach eines Gebäudes und Kate stirbt vor den Augen ihrer Teamkameraden (2×23 Die Rückkehr). Gaststars der zweiten Staffel sind unter anderem Abigail Breslin, Lindsay Price und Mya.