1972 beginnt die Zusammenarbeit zwischen dem Autorenfilmer Werner Herzog und dem wohl exzentrischsten deutschen Schauspieler Klaus Kinski. Für die Rekonstruktion der Zusammenarbeit dieser beiden Ausnahmekünstler reist Werner Herzog zurück zu den abgelegenen Drehorten von damals (u.a. nach Peru) und lässt sowohl Crewmitglieder, Schauspieler wie Eva Mattes oder Claudia Cardinale als auch die Indios zu Wort kommen. Aber Herzog zeigt auch seltenes Filmmaterial, das während den Dreharbeiten zu seinen Filmen entstanden ist. Hierzu zählen unter anderem Kinskis Wutausbrüche, die während der Drehpausen mitgeschnitten wurden. Die Dokumentation Mein liebster Feind – Klaus Kinski ist sowohl ein Dokument des deutschen Autorenfilms als auch ein Portrait eines außergewöhnlichen Schauspielers.