Monsieur Ibrahim und die Blumen des Koran erzählt eine Geschichte über die wesentlichen Erfahrungen im Leben: Freundschaft und Liebe sowie Abschied und Verlust. Und nicht zuletzt geht es um das Ziel, das alle gemeinsam haben: Glück! Monsieur Ibrahim (Omar Sharif) kennt das Geheimnis des Glücks: er steht dem jungen Moses (Pierre Boulanger) bei den ersten wesentlichen Lebenserfahrungen bei, zeigt, wie man(n) Brigitte Bardot eine Flasche Wasser überteuert verkauft und woran man eine reiche Gegend erkennt. Er sensibilisiert für die großen und kleinen Freuden des Alltags, offenbart das Geheimnis des Lächelns, erklärt, wie man einer Frau Komplimente macht, oder warum man nur das behalten kann, was man verschenkt.

Vollständige Handlung
Der zwölfjährige jüdische Junge Moses (Pierre Boulanger) lebt bei seinem schwermütigen Vater (Gilbert Melki) in der Pariser Rue Bleue – mitten in einem Rotlichtviertel. Seine Mutter (Isabelle Renauld) hat sich schon vor Jahren aus dem Staub gemacht. Moses geht in die Schule, kümmert sich in der dunklen Wohnung um den Haushalt und macht für seinen Vater jeden Abend das Essen. Selbstbestätigung oder Dank erhält Moses von seinem depressiven Vater dafür nicht. Über das Geld, was er zum Einkaufen erhält, muss er genau Buch führen. Moses ist im Grunde genommen sehr einsam. Das einzige, was er in seiner Freizeit tut, ist die 60er-Jahre-Musik in seiner Lieblingssendung "Salut les copains" zu hören und aus seinem Zimmerfenster die Prostituierten zu beobachten. Gerne würde er sein erstes Mal mit einer dieser Damen erleben – er schlachtet dafür sogar sein Sparschwein, was ihm sein Vater früher einmal geschenkt hat. Doch als er sich ein Herz fasst und die Damen anspricht, wird er zurückgewiesen – zu jung!

Die Einkäufe erledigt Moses immer bei Monsieur Ibrahim (Omar Sharif), dem alten Araber gegenüber. Der sitzt mit Stoppelbart und grauem Kittel seit jeher Tag für Tag und auch am Sonntag, und dass von früh bis in den späten Abend, hinter dem Verkaufstresen. Nie hat ihn jemand von diesem hervortreten sehen. Eines Tages klaut Moses eine Konservendose und denkt sich dabei: "Es ist doch nur ein Araber“. Doch plötzlich antwortet Ibrahim, der Verkäufer: "Momo, ich bin kein Araber, ich komme vom Roten Halbmond.“. Moses ist schockiert, weil er glaubt, dass der Alte Gedanken lesen kann. Beim nächsten Besuch fragt Moses dann, was denn der Rote Halbmond sei, und erfährt, dass damit die Türkei gemeint ist. Und so entspinnt sich in den Folgetagen ein Dialog, der sich über viele Einkäufe erstreckt und nur aus jeweils einer Frage und einer Antwort erstreckt. Und so kommt es, dass Monsieur Ibrahim Moses immer vertrauter wird und immer mehr die Rolle eines Freundes und Vaters für den Jungen übernimmt. Moses lernt zahlreiche Lebensweisheiten bei dem Alten, so zum Beispiel, dass das Leben, wenn man lächelt, viel leichter ist, dass man das, was man aufbewahrt, für immer verliert, wie man richtig mit Frauen umgeht und wie man einer reichen Schauspielerin völlig überteuert eine einfache Flasche Wasser verkauft. Dass man glücklicher ist, wenn man alles, was man tut, langsam tut.

So ist es kein Wunder, dass Moses – als er die Ratschläge beherzt, ein viel glücklicherer Junge ist – zu Hause, in der Schule, überall. Dass er bei einem neuen Versuch – diesmal mit einem Lächeln – Erfolg bei den Prostituierten hat und seinen ersten Sex erlebt. Und dass er bei der pferdeschwänzigen Concierge-Tochter Myriam (Lola Naymark), die ihn sonst immer abweisend behandelte, plötzlich ankommt und beide schon bald miteinander gehen. Dies allerdings nur für kurze Zeit, denn Myriam lässt Moses bald für einen anderen sitzen. Doch auch gegen den Liebeskummer hat Monsieur Ibrahim einen guten Rat für den Jungen.

Eines Tages findet Moses zu Hause einen vollgekritzelten Zettel, auf dem sein Vater sich dafür entschuldigt, dass er ihm kein guter Vater sein kann und ihm mitteilt, dass er deshalb für immer weggegangen ist. Neben dem Brief liegen alle Ersparnisse des Vaters auf dem Tisch. Für Moses ist diese Nachricht eher eine Befreiung als ein Grund zur Trauer. Und so beginnt er, die Vorhänge von den Fenstern zu reißen und Licht in die Wohnung zu lassen, die Wände bunt zu streichen und mit der grauen Vergangenheit abzuschließen.

Während Moses die Wohnung vorrichtet, taucht plötzlich seine Mutter auf. Doch sie erkennt nach so langer Zeit ihren eigenen Sohn nicht wieder, und so fällt es Moses nicht schwer, sich ihr gegenüber zu verleugnen.

Als das Geld, was ihm sein Vater hinterließ, zur Neige geht, beginnt Moses dessen wertvollen Bücher bei den "Bouquinistes" zu verkaufen. Mit diesem Tabubruch vollzieht er endgültig den innerlichen Bruch zu seinem Vater.

Irgendwann erreicht Moses die Nachricht vom Tod des Vaters. Doch er ist nicht allein. Monsieur Ibrahim weiß sofort, was los ist. Nach einem endlosen und aussichtslos erscheinenden Gang durch die französischen Behörden gelingt es ihm am Ende, den Jungen zu adoptieren. Jeder andere hätte vorher aufgegeben. Monsieur Ibrahim entschließt sich, von seinen Ersparnissen einen nagelneuen roten Sportwagen zu kaufen, seinen Laden das erste mal nach vielen Jahren zu schließen und mit Moses in seine Heimat – die Türkei – zu fahren. Doch vorher muss der Alte noch seine Fahrerlaubnis machen, und er stellt sich nicht gerade sehr geschickt an. Doch mit Moses Hilfe und gemeinsamem Schummeln meistert er diese Hürde.

Nach einer wunderschönen Reise kommen die beiden in Monsieur Ibrahims Heimat an. Moses lernt die Leute in der Türkei kennen, die fremde Kultur, die andere Lebensart der Menschen. In sein Dorf will Monsieur Ibrahim alleine fahren, und so bittet er Moses, vor einer Bergkuppe auf seine Rückkehr zu warten. Kurze Zeit später ereilt Moses die schreckliche Nachricht, dass sein alter Freund einen Unfall hatte und im Sterben liegt. Er kann sich noch von ihm verabschieden und bleibt dann allein zurück. Doch die Lebensweisheiten und den Lebensmut, den er von Monsieur Ibrahim gelernt hat, kann ihm niemand mehr nehmen.

Der Film endet mit Moses, wie er mehrere Jahre später selbst als „Araber“ im grauen Kittel in dem Kolonialwarengeschäft in der Rue Bleue sitzt und ein zwölfjähriger Junge gerade eine Konservendose klaut.